Onderschat nooit de verbeelding van een slechterik. Zijn plannen om prinses Peach te ontvoeren zijn al zó vaak mislukt, dat Bowser dit keer besluit het hele kasteel van Peach dan maar te stelen! Als onderdeel van zijn snode plan worden Mario, Luigi en vrienden uit het kasteel verdreven en naar de uithoeken van het koninkrijk gestuurd. Om terug te keren naar Peach kasteel moeten ze oceanen, woestijnen, moerassen en sneeuwvlaktes overwinnen. Maar daar deinzen ze natuurlijk niet voor terug! Tijd om de plannen van Bowser te dwarsbomen en het kasteel te heroveren!