De Covenant hebben de macht op aarde. De Flood is losgelaten. Met het lot van het heelal op het spel is Master Chief de enige die het menselijk ras kan redden. Het epische verhaal van de Halo-games heeft toegewerkt naar dit moment. Halo 3 is de laatste game uit de Halo-trilogie en het is aan de speler om met de Master Chief de mensheid te redden. Master Chief moet de Covenant stoppen en de dreigende Flood vernietigen.