De Space Pirates voeren hun oude trucks nog steeds uit, maar de Metroid-jager Samus Aran kijkt nu anders tegen het leven aan. Voor het eerst zie je alles door de ogen van Samus, terwijl ze aan een geheel nieuw avontuur begint - een vervolg op een spannend verhaal dat nu al drie generaties van Nintendo systemen overspant.

Als je het verhaal nog niet kent, volgt hier een samenvatting. Samus stopte voor het eerst de slechte Space Pirates en Mother Brain bij hun poging een leger van Metroids tegen de planeet Zebes in te zetten, in Metroid voor de NES.