Links avontuur begint op Outset Island, zijn thuiseiland, wanneer hij het gevaarlijke Forest of Fairies in trekt om zijn zus Aryll te redden. Als Links zus ontvoerd wordt en naar het Forsaken Fortress wordt gebracht, zet hij de achtervolging in vergezeld door pirate Tetra en haar bemanning. Wanneer hij op het punt staat om zijn geliefde Aryll te bevrijden, wordt Link in de zee geworpen, waar hij de King of Red Lions ontmoet, een wijze boot die hem vertelt over de legendarische Pearls of the Goddesses. Samen bevaren ze de Great Sea, op een missie om de wereld te behoeden voor duisternis.