Jij bent Jason Brody: een man, alleen aan de rand van de wereld, gestrand op een mysterieus tropisch eiland en volledig afgesloten van de beschaving. In dit ruwe paradijs, dat geterroriseerd wordt door de psychopaat Vaas en zijn kompanen en waar de enige zekerheden wetteloosheid en geweld zijn, bepaal jij waar, wanneer en hoe de gebeurtenissen zich opvolgen in de game. Je zal je een weg door het eiland moeten hakken, sluipen en schieten in een wereld zonder normen en waarden.