In 2016 werd ctOS 2.0, een geavanceerd besturingssysteem die de gehele infrastructuur van de stad beheert, geïmplementeerd in meerdere steden in Amerika om een veiligere en efficiëntere samenleving te creëren. Speel als Marcus Holloway, een briljante en jonge hacker die leeft in het centrum van de technologische revolutie: San Francisco Bay Area en werk samen met hackersgroep DedSec om de gevaren van ctOS 2.0 te onthullen. Wanneer het systeem in verkeerde handen terecht komt, kan het gebruikt worden om een groot aantal personen te monitoren en te manipuleren.