De Aarde is veranderd. Het is twintig jaar geleden dat de wereldleiders zich onvoorwaardelijk overgaven aan de buitenaardse indringers. XCOM, de laatste verdedigingslinie van de planeet is verslagen en zijn leden zijn verspreid. In XCOM 2 regeren de buitenaardse wezens nu over de Aarde en bouwen ze prachtige steden die een stralende toekomt voor de mensheid beloven, terwijl ze een sinister plan verbergen en iedereen elimineren die zich verzet tegen hun nieuwe orde.

Verborgen voor de aliens proberen de overlevenden van XCOM zich te hergroeperen om nogmaals op te komen voor de mensheid. Continu op de vlucht en altijd tegen onmogelijke kansen, zal de overgebleven XCOM strijdmacht een manier moeten vinden om het globaal verzet weer aan te wakkeren en de buitenaardse dreiging voor eens en voor altijd te vernietigen.